El ambiente en el que vivimos está poblado de microorganismos. El ser humano desde el momento de su nacimiento y a lo largo de toda su vida alojará cientos de especies de bacterias y, en menor número, a otros seres vivos (hongos, virus, protozoos y ácaros) en diferentes sitios de su cuerpo. De este modo la interacción humano-microorganismo es permanente, y dicha interacción puede resultar indiferente, beneficiosa o perjudicial, (Enfermedades infecciosas).
Podemos mencionar dos grandes grupos de microorganismos, uno que incluyen los que  son capaces de convivir con el hombre y que habitualmente no causan perjuicio y otro que comprende a los microorganismos responsables de desencadenar enfermedad, denominados patógenos primarios o estrictos.

El término flora microbiana normal se utiliza para designar a aquellos microorganismos que habitan normalmente en los individuos en aparente estado de salud, sin provocar invasión. También se denomina flora indígena, autóctona o nativa del humano.

En condiciones normales, el hombre es capaz de convivir en equilibrio con los microorganismos que constituyen la flora normal. La mayoría de estos microorganismos se comportan como comensales, es decir que se benefician sin provecho ni daño para el humano.

Otros son patógenos potenciales (capaces de ocasionar enfermedad cuando se altera el equilibrio entre ellos y el hospedador) denominados también oportunistas. Aparte estarían los patógenos estrictos antes mencionados, capaces de producir cuadros patológicos en hospedadores normales.

La línea de demarcación entre los microorganismos que constituyen la flora normal, de aquellos que no lo son a menudo no resulta clara. Por ejemplo, ciertas bacterias como Neisseria meningitidis o Streptococcus pneumoniae son patógenos capaces de producir meningitis, neumonía o septicemias, pero aproximadamente en el 10% de la población sana pueden encontrarse como integrantes de la flora normal de la orofaringe (portadores) manteniendo el reservorio de los microorganismos en la naturaleza.

La microflora nativa, indígena o autóctona no es estable a lo largo de la vida como consecuencia del desarrollo anatómico y fisiológico. La edad de la persona, el requerimiento alimenticio, la temperatura corporal, la acidez estomacal, la disponibilidad de oxígeno, el pH de la zona, la influencia ejercida por otros microorganismos, la disponibilidad de elementos nutritivos, el estado inmunológico del humano, el ambiente, son algunos de los factores que determinan el número y tipo de flora presente en diferentes sitios del organismo.

El establecimiento de la flora residente está sujeto a numerosas variantes, condicionadas no sólo por los procesos específicos que hemos citado, sino también por factores que dependen de las condiciones del medio: humedad, pH ácido, descamación, interferencia biológica y tejido linfoideo asociado a la piel.

Humedad: la flora residente resiste mejor la sequedad de ciertas áreas de la piel, mientras que las que tienen mayor potencialidad patógena crecen mejor bajo ciertas condiciones de humedad. Es por ello que muchas infecciones bacterianas de la piel ocurren o se inician en los pliegues cutáneos o en las zonas donde hay mayor densidad de glándulas como las axilas o la zona inguinal.

pH ácido: lapiel tiene un pH ligeramente ácido (5,0) y una temperatura menor de 37 °C. La mayoría de las bacterias patógenas crecen mejor a pH neutro y a 37°C, por lo que cualquier interferencia con los ácidos grasos que mantienen el pH ácido de la piel, favorece el desarrollo de bacterias que tienen posibilidades de producir lesiones locales superficiales o bien si el huésped es inmunocomprometido, penetrar en la dermis y luego difundirse localmente en ella o diseminarse por vía sistémica.

Descamación: las células que están en la superficie sufren una constante renovación, de manera que las bacterias adheridas son removidas permanentemente. Las "aberturas" naturales como los poros, folículos pilosos o glándulas sudoríparas, ofrecen a las bacterias mejores condiciones para el desarrollo que la superficie de la piel, pero esas aberturas están naturalmente protegidas por la lizosima (enzima que degrada el peptidoglican de las bacterias gram positivas) y los ácidos grasos o lípidos tóxicos.

Interferencia biológica: la ejercen las bacterias de la flora residente con su adherencia y metabolismo, ya que compiten por los receptores celulares o bien por los nutrientes. Además muchas de ellas elaboran sustancias que actúan como antibacterianos (bacteriocinas) o los propios productos metabólicos limitan el desarrollo de otras bacterias no habituales o las que poseen factores de virulencia capaces de producir infecciones locales o sistémicas.

Tejido linfoide asociado a la piel: a pesar de las condiciones del medio citadas que determinan elgrado de normalidad de la flora cutánea, algunas bacterias especialmente dotadas pueden aprovechar circunstancias adversas (heridas, quemaduras, etc.) para introducirse y diseminarse. La función de dicho tejido es confinar a las bacterias "invasoras" al área que está inmediatamente debajo de la piel y prevenir así su acceso al torrente circulatorio.

Antes del nacimiento, el feto es esencialmente estéril, en cambio el recién nacido se infecta en el momento del parto con distintos tipos bacterianos, los que adquiere directamente de la madre. La piel y conjuntiva se colonizan inmediatamente después del pasaje por el canal del parto. En pocas horas se establece la flora bucal y nasofaríngea al igual que rápidamente son pobladas el resto de las mucosas.

Al primer día de nacido ya se instala la flora del tracto intestinal, la cual se completa a la semana de vida siendo diferente en los niños alimentados con leche materna respecto de niños alimentados con fórmulas suplementarias (leches maternizadas) basadas en la composición química de la leche de vaca.

Los microorganismos de la flora normal pueden dividirse de acuerdo con su permanencia en dos grandes grupos:

a) Flora invariable o residente que está compuesta por tipos de microorganismos relativamente fijos en sitios determinados y que si por alguna razón desaparece (empleo de antimicrobianos) se restituye con bastante rapidez.

b) Flora transitoria constituida por gérmenes no patógenos o potencialmente patógenos que permanecen sobre la superficie corporal o mucosas durante horas, días o meses. Provienen del ambiente y sólo tienen significación cuando la flora permanente desaparece aprovechando la situación para proliferar y, en algunas circunstancias, invadir y ser responsables de producir enfermedad.

Acciones de la flora normal
1) Acción benéfica: la presencia de los microorganismos que constituyen la flora normal no es necesaria para la vida, como lo demuestra el hecho de que se han criado animales en ambientes estériles, los cuales carecen completamente de flora autóctona. Sin embargo la flora indígena desempeña un importante papel pues puede prevenir, por medio de un conjunto de acciones, ciertas enfermedades bacterianas. Ese conjunto de acciones se conoce con el nombre de Antagonismo Bacteriano.

Los microorganismos deben luchar para ganarse su espacio en el cuerpo humano. Hay gérmenes de la flora normal que impiden que se instalen y se desarrollen microorganismos diferentes a los ya existentes. Previenen la colonización, invasión y la infección por patógenos.

El Antagonismo Bacteriano queda demostrado luego del tratamiento con antimicrobianos de amplio espectro; por ejemplo, la flora normal del tubo digestivo puede ser reemplazada por ciertos hongos (género Candida) o estafilococos que habitualmente están inhibidos en su crecimiento dando lugar a la aparición de disbacteriosis (variaciones de las proporciones constantes de la flora intestinal), ocasionando en el individuo diarreas de diferente severidad.

La flora normal suprime el crecimiento de otras bacterias y hasta de hongos potencialmente patógenos al competir por los nutrientes esenciales y al producir ciertas sustancias inhibidoras, las cuales son bien específicas, denominadas genéricamente bacteriocinas. Ejemplos de ellas son: colicinas, elaboradas por E. coli; klebosinas, sintetizada por el género Klebsiella, marscecinas, producida por Serratia marscesens; pesticina, sintetizada por Y. pestis, etc.
Otro de los efectos de provecho para el hospedador que proporciona la flora autóctona es el de sintetizar nutrientes. Las bacterias coliformes sintetizan vitamina K y otras bacterias intestinales suministran otras vitaminas como piridoxina, riboflavina, biotina. Otros grupos bacterianos colaboran en la absorción de nutrientes. Ayudan a convertir los pigmentos y sales biliares en el intestino.

2) Efectos nocivos: la flora indígena puede ejercer mecanismos de acción que resultan perniciosos para el hospedador.

El sinergismo bacteriano posibilita el desarrollo de algunas bacterias patógenas en ciertas zonas del organismo en las que no podrían, por sí solas, crecer. La ayuda que pueden prestarse las bacterias se vincula con hechos como compartir sustancias metabólicamente indispensables, enzimas, etc.

Ciertas bacterias nativas, sobre todo las residentes en el tubo digestivo, pueden producir endotoxinas responsables de provocar ciertos grados de toxemia en hospedadores susceptibles (hipersensibilidad).

En ciertas circunstancias, la microflora normal, puede por sí sola, producir patología, debido a que los microorganismos pueden ser introducidos en los tejidos o al torrente sanguíneo o bien pasar de su localización habitual, donde se comportan inofensivamente, a otro sitio del organismo donde pueden ocasionar diferentes tipos y grados de enfermedad, de acuerdo con el lugar de localización y estado inmunitario del hospedador.

La manifestación de las actividades de la flora normal que más fácilmente se percibe es la producción de diversos olores asociados con las superficies epiteliales del cuerpo humano. Si el ser humano careciera de flora microbiana normal no se vería obligado al uso de desodorantes.
Cuando por alguna razón la inmunidad se ve alterada y sobreviene una infección seguida de enfermedad, se denomina, en general, infección oportunista, que puede ocurrir también como resultado de distintos factores iatrogénicos y nosocomiales.

Si bien éstas pueden resultar del ingreso de microorganismos del medio ambiente, dadas las circunstancias antes mencionadas, lo habitual es que el individuo presente enfermedad a partir de su propia flora normal y en este caso reciben el nombre genérico de infecciones endógenas.

Distribución de la flora normal

I) Flora normal de la piel (103 a 104 microorganismos por cm2, en zonas húmedas puede llegar hasta 106 microorganismos por cm2).

a) En el recién nacido: (flora transitoria adquirida por el pasaje a través del canal del parto)
— Lactobacillus acidophilus
— Streptococcus sp.
— Micrococcus
— Coliformes

b) Flora habitual:
Bacterias Gram positivas
Cocos:
— Staphylococcus epidermidis
— Staphylococcus aureus
— Sarcinas
— Micrococcus
— Streptococcus α hemolíticos
— Streptococcus γ hemolíticos
— Enterococos
— Peptostreptococcus

Bacilos:
— Difteroides
— Bacillus subtilis
— Propionibacterium

Bacterias Gram negativas
Bacilos:
— Coliformes
— Proteus
— Acinetobacter

Bacterias Acido Alcohol Resistentes
Micobacterias (conducto auditivo externo, región axilar y genital)

Hongos:
— Candida albicans
— Cryptococcus
— Pityrosporum orbiculare
— Torulopsis glabrata

Ácaros:
— Demodex folliculorum

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